Premda Kuran kao i islamsko pravo (Šerijat) ne prave nikakvu razliku među pripadnicima pojedinih kršćanskih vjeroispovijesti, koji zajedno sa Židovima idu u "narode svetih knjiga" (Ahl' el-Kitab), u stvarnosti je islamska država pojedinim vjeroispovijestima priznavala različit pravni položaj. U Turskome carstvu ovo prvotno vrijedi za pripadnike katolicizma i istočnoga pravoslavlja.
Kad je Mehmed II. (el Fatih - Osvajač) 1453. zauzeo Carigrad, odmah je pronašao način kako pridobiti pravoslavne Grke i time spriječiti nestanak pučanstva što je, kako se čini carskome gradu prijetio kao posljedica snažnoga iseljavanja. Dalekovidnome je sultanu pošlo za rukom jednim spretnim potezom grčki ekumenski patrijarhat za čitava stoljeća vezati uz tursko carsko prijestolje. Sultan je Grcima naredio da izaberu novoga patrijarha. Izabran bijaše učeni redovnik Juraj Sholarios, nekoć prijatelj ujedinjenja i pristalica nauka sv. Tome Akvinskoga, kasnije vatreni bojovnik proti ujedinjenju i snažni podupiratelj raskola, koji sebi uze ime Genadije II. Sultan je novoizabranoga patrijarha svečano uveo u službu prema starome bizantskome ceremonijalu. Okružen svitom turskih odličnika, sultan je Genadiju II. službenu ovlast predao sljedećim riječima: "Sveto Trojstvo, koje mi je dalo carstvo, uzdiže te na čast patrijarha". Kako strano zvuče ove riječi u ustima cara svih pravovjernih muslimana, kojima nijekanje svetoga Trojstva ide u najbitnije vjerske istine! Pošto je patrijarh na taj način iz sultanove ruke primio službu, izrekao je svoju najdub lju zahvalnost, a kor je zapjevao konvencionalnu liturgijsku pjesmu za svečane prigode: Eἰς πολλὰ ἔτη, Δέσποτα. Nakon toga uslijedio je sjajan objed, kod kojega je sultan patrijarhu dao "beskrajna obećanja".
Ovo duboko poniženje carigradskoga patrijarhata donijelo je s druge strane patrijarhu prednost što je ne treba podcijeniti. "Rul milleti", grčka nacija, ispravnije grčka vjeroispovijest, na čelu s patrijarhom, zadobila je dalekosežnu samostalnost. Patrijarh je glava nacije, s činom i dostojanstvom turskoga vezira. On nad Grcima vrši ne samo duhovnu, nego i građansku vlast. On je sudac u građanskim predmetima (sklapanje brakova, oporuke i sl.). Ako se nađu krivima, može osuditi na novčane kazne, na tamnicu, bičevanje i na strašno ropstvo na galijama. Turske oblasti bijahu obvezatne provesti njegov pravorijek, kao i onaj, premda u manjoj mjeri, pravoslavnih biskupa što su također posjedovali odgovarajuću sudsku vlast.
Sad možemo pojmiti, zašto pravoslavnim biskupima za njihovih pohoda, za kojih su na nepravedan i nasilnički način i od katolika ugonili crkvene namete, bijaše dodjeljivana turska vojna pratnja. Također ćemo razumjeti, kako bijaše moguće da carigradski patrijarh Ćiril Lukaris, 1632. godine, zaslužna biskupijskoga svećenika i kandidata za jedno biskupsko sjedište, Šimuna Matkovića, u Ugarskoj baci u tamnicu gdje su mu od velike studeni otpali nokti na ručnim i nožnim prstima. Također je zanimljivo što je carigradski patrijarh, unatoč blizini srpske hijerarhije, često, po svojim zastupnicima, nastupao na turskim sudovima kao svjedok proti katolicizma u dalekoj Bosni. K tome pridolazi još jedna važna okolnost u korist pravoslavne hijerarhije: utjecaj fanariotskih ministara na Visokoj Porti. Dovoljno je podsjetiti na Mihovila Kantakuzena, "columnam christianitatis", miljenika dvojice sultana, da bismo vidjeli kako je Fanar u tim ministrima imao moćna pomoćnika i saveznika u borbi proti katolicizmu.
Uz carigradski, i srpski je patrijarhat u Peći uživao velik ugled. Utemeljen za cara Stevana Dušana Silnog 1346. godine, propao je za vrijeme turske vladavine u Srbiji, da bi ga Mehmed Sokolović, najveći veliki vezir što je ikad, kao sultanov zastupnik, upravljao ogromnim osmanlijskim carstvom, ponovo uspostavio 1557. godine. Jedva je potrebno pripomenuti kako je Sokolović time htio povući spretan diplomatski potez, kako bi na taj način pravoslavne Srbe što čvršće vezao uz Tursko carstvo. Za prvu dvojicu pećkih patrijarha obično se tvrdi i piše kako bijahu bliski rođaci moćnoga vezira. Iz državnopolitičkih, a možda i rodbinskih razloga, bijaše pećki patrijarhat najizobilnije obasut pravima i povlasticama. Srpska je pravoslavna crkva sklopila s muslimanskim carstvom veoma pogodan ugovor, kojim se znala izvrsno služiti, posebice na štetu Katoličke crkve.
Položaj Katoličke crkve bijaše daleko nepogodniji od onoga Istočnopravoslavne. I njoj je sultan doduše priznao legalnu opstojnost, što nedvojbeno dokazuju brojni turski fermani i berati što su ih u njenu korist izdali osmanlijski vladari. Prilikom zauzeća Carigrada (1453) Đenovljani su od Mehmeda II. izmolili za se čak različite milosti i slobodu vjeroispovijesti. Isto su, deset godina kasnije, na polju Milodraževu izmolili bosanski franjevci za svoj puk (poznata Ahd-nama, što još nije u potpunosti pojašnjena).
Katolička se crkva nikad nije tako duboko ponizila da bi dopustila uplitanje turske državne sile u svoje unutarnje vjerske odnošaje. Tu ne bijaše ni turske investiture ni biskupskih imenovanja po milosti Visoke Porte. Zbog toga ona i nije uživala onu široku autonomiju što je imahu pravoslavni. Ni u jednom se dokumentu ne spominje "latinska nacija" ("latin milleti") s biskupom, u rangu vezira ili paše, na čelu. Katolici obično bijahu zastupani po predstojnicima redovničkih zajednica (provincijali i gvardijani), dok je biskup ostajao u pozadini kao da ga - takav se dojam stječe - država uopće nije priznavala, te se morao kriti.
U Bosni je to gotovo uvijek bio slučaj, u drugim zemljama veoma često. Katolički biskupi nisu nikad od Turaka dobili neku sudsku ovlast nad svojim vjernicima. Nadalje nitko i ne pomišlja na to da bi u katoličkoj hijerarhiji mogla biti dodijeljena turska "svjetovna sila" ("brachium saeculare") kao pomoć u provedbi njezinih sudskih pravorijeka i naredbi. Janjičari bijahu pratnja katoličkim biskupima jedino onda kad ih vođahu pred turske sudove, u tamnicu ili na izvršenje smrtne kazne.
K tomu valja uzeti u obzir još jednu važnu okolnost. Turci nikad ne mogahu zaboraviti kako najveći i najopasniji protivnik polumjeseca na Bosporu bijaše rimski papa, istodobno poglavar njihovih katoličkih podanika. Papa nikad nije mirovao: poticao je kršćansku Europu na bitke i križarske vojne proti Turcima, nikad nije sklapao saveze niti se upuštao u bilo kakve pregovore s islamskim Carigradom. Zbog toga su turske vlasti pune sumnjičavosti i nepovjerenja spram katoličkoga elementa u carstvu Osmanovih nasljednika. Zbog toga im u doba mira ne daju nikakvih velikih povlastica, kao pravoslavnima, a u doba ratova - često i u miru - krvavo ih progone i iskorjenjuju. Katolici sa svoje strane nikad ne htjedoše, pa makar i privremeno, služiti kao turski vojnici, dok je to u dokumentima od 14. do 17. stoljeća o pravoslavnima nebrojeno puta posvjedočeno.
Priznajemo kako su i pravoslavni puk i svećenstvo bili u Turskome carstvu materijalno iscrpljivani, ugnjetavani, a često i grubo progonjeni. Njihov se položaj počeo polagano pogoršavati posebice od konca 16 stoljeća. Pobune proti Turcima bijahu sve češće, te se pri koncu 18. stoljeća njihov položaj jedva mogao razlikovati od položaja katolika. Ovo se, naravno, ne odnosi na grčku hijerarhiju Fanara, koja je 1766. uredila da, jednim carskim fermanom, bude dokinut pećki patrijarhat, i koja je uvijek uživala povlašteni izuzetni položaj.
Poneki srpski povjesničari idu predaleko kad, imajući u vidu prilike pri koncu 18. stoljeća, prikazuju kako katolici i pravoslavci uvijek i trajno bijahu pred Turcima pravno i stvarno izjednačeni. To je u osnovi neispravno poimanje povijesnih prilika. Kako grčko tako i srpsko pravoslavlje stvorilo je sebi, svojim paktom sa osmanlijskom državnom silom, izuzetan položaj, ukoliko to u muslimanskoj državi uopće bijaše moguće postići. Nasuprot tome, katolici, "jadna raja", stado, bolje reći stoka, i "latin kafirs" (latinski nevjernici) uživahu jedino pasivnu snošljivost, a često čak ni to. U usporedbi s katolicima, pravoslavni elemenat bijaše u jednome razmjerno boljemu položaju.To još više vrijedi za Pravoslavnu crkvu i hijerarhiju. Klasičan primjer za to pružaju nam brojni pravoslavni samostani i biskupije na hrvatskome tlu, uspostavljeni u doba turske vladavine u 16. i 17. stoljeću, posebice 1557. godine. Katolicima, naprotiv, bijaše zabranjeno, primjerice u Bosni, Slavoniji i Dalmaciji, graditi nove crkve i uspostavljati samostane i biskupije; naravno neke biskupije bijahu kanonski popunjene, ali često s prekidom od više desetljeća. Turci su čak poneke katoličke samostane predavali pravoslavcima na upotrebu i u posjed, ili su pak dobrohotno dopuštali da se na katoličkome zemljištu podižu nove pravoslavne crkve. Tako u posjed pravoslavaca prijeđoše, uz ostale, nekoć katolički samostani ili crkve: Čičevo (sv. Petar u polju) kod Trebinja u Hercegovini, Krupa, Rmanj i Moštanica u Bosni, Orahovica u Slavoniji. Ima srpskih povjesničara što, unatoč očitim suprotnim svjedočanstvima dokumenata, zastupaju mišljenje kako se ovdje zacijelo ili vjerojatno radi o starim pravoslavnim samostanima. Tako je Bosna u 16. stoljeću preplavljena pravoslavnim samostanima, a ipak se ni za jedan od njih ne može s izvjesnošću dokazati da bi opstojao 100 godina ranije, u doba bosanske samostalnosti. Istodobno katolici su gubili teren i crkvene objekte u korist pravoslavaca. Tako je savršeno na mjestu tvrdnja povjesničara dra Preloga da priraštaj pravoslavaca u Bosni nakon njezina zauzeća bijaše očito stalno sve više i više pospješivan.
(iz Krunoslav Draganović, Masovni prijelazi katolika na pravoslavlje)